Plan de Cuques est limitrophe avec les Communes de Marseille à l’Ouest, Allauch à l’Est, Simiane Collongue au Nord.

Occupant un territoire de transition entre le bassin marseillais et les premiers contreforts du Sud du Massif de l’Etoile, Plan de Cuques profite d’atouts incomparables : topographie dominante, identité marquée, espaces naturels qui bénéficient des protections de Natura 2000 (maintien de la biodiversité et préservation du patrimoine naturel) et des ZNIEFF (Zones Naturelles d’Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique) et participent à la qualité du cadre de vie.

Les principaux axes de communication sont la RD908, qui traverse la commune en son centre reliant les quartiers Nord-Est de Marseille à la partie Nord d’Allauch, et la RD44F qui traverse la commune d’Est en Ouest et relie les quartiers de Chateau Gombert à la partie Sud d’Allauch.

Deux lignes principales de bus traversent la commune, suppléés par deux lignes annexes, vers le terminal du métro de la Rose, ouverture vers Marseille.

Le territoire de Plan de Cuques n’est desservi par aucune voie ferrée ; la gare la plus proche est celle de Mareille-Saint Charles, située à une dizaine de kms et accessible en métro.

Plan de Cuques est traversé par le Canal de Marseille et un ruisseau, le Jarret, qui prend sa source dans les collines de Pichauris à Allauch, et va se déverser dans l’Huveaune à Marseille.